Benigno dilahirkan di Murcia, kini merupakan sebahagian daripada Concepcion, Tarlac kepada Servillano "Mianong" Aquino, jeneral dalam Revolusi Filipina yang kemudiannya berkhidmat sebagai anggota Kongres Malolos, dan Guadalupe Quiambao. Dia mempunyai dua adik beradik, iaitu Gonzalo Aquino (lahir 1893) dan Amando Aquino (lahir 1896), dan seorang abangnya, Herminio Aquino (lahir 1949). Beliau belajar di Colegio de San Juan de Letran di Manila dan kemudiannya di Universiti Santo Tomas di mana beliau mendapat ijazah undang-undang pada tahun 1913 dan dimasukkan ke bar pada tahun berikutnya.